El municipio de Valle de Villaverde se corresponde con la época protohistórica, el territorio que en la actualidad estaba poblado por los autrigones. Éstos se extendían entre las márgenes del Nervión, límite con el territorio de los caristios, y el río Agüera (también se plantea la posibilidad de que llegaran hasta el Asón), donde comenzaba el territorio controlado por los cántabros.
En época romana se encontraba en el entorno de los asentamientos de la ría de Bilbao y la colonia de Flaviobriga (Castro Urdiales), y cerca de este valle discurrían las vías que comunicaban este puerto con Iuliobriga (Retortillo) y la vía Asturicam-Burdigalam a través del puerto de Las Muñecas. Se estima que una vez pareció extinguirse la división entre las tribus, el término ‘vascones’ empezó a aplicarse al conjunto de pueblos que se extendían entre esta zona y los Pirineos.
Durante la Edad Media los territorios comprendidos entre las cuencas del Calera y el Nervión pasaron a conocerse como Las Encartaciones, quedando incluidas dentro de la diócesis de Valpuesta.
Este territorio permaneció de manera estable dentro de la órbita de Castilla, si bien incorporado paulatinamente al Señorío de Vizcaya, que a su vez se vinculó de manera estable a Castilla a partir de 1379.
En estas localidades, cuyos representantes se reunían en Avellaneda, se desarrolló un corpus de usos y costumbres que fue recogido en 1394 –reinando Enrique III– en el llamado Fuero de Avellaneda (en 1503 fue aprobado el nuevo Fuero de Las Encartaciones).
En aquellas fechas se produjo, sin embargo, un hecho llamado a conducir a Villaverde por un camino distinto al de sus vecinos: la cesión a Lope de Avellaneda de este valle en premio por su participación en la decisiva batalla de Aljubarrota de 1385, que aseguró la independencia de Portugal frente a las pretensiones castellanas.
El 13 de diciembre de 1440 Pedro Fernández de Velasco, II conde de Haro, compró el Valle de Villaverde a Diego de Avellaneda, descendiente de Lope, por 500.000 maravedíes de a dos blancas cada uno, contando con la autorización del rey Juan II para culminar dicha operación.
El valle entró así en la órbita de los Velasco, una familia que logró prosperar durante el gobierno de la dinastía Trastámara y había realizado el primer mayorazgo familiar en 1380, incluyendo Medina de Pomar, Briviesca y otras tierras castellanas (en 1392 se hicieron con el control señorial de los valles de Soba y Ruesga).
En 1473 Enrique IV nombró VI condestable de Castilla a Pedro Fernández de Velasco, señor de Medina de Pomar, Frías (desde la victoria de Olmedo sobre el bando del infante Juan de Aragón en 1445) y Briviesca, y camarero mayor de Juan II.
Durante la Edad Moderna la familia de los condestables administró el valle, incluido en el Corregimiento de Soba, Ruesga y Villaverde, mediante un teniente corregidor, con poder similar al del alcalde ordinario, que era elegido anualmente entre los miembros de las familias de los Marroquines y los Negretes.
Cuatro regidores se ocupaban de la administración ordinaria y la jurisdicción militar recaía en el Señorío de Vizcaya. El régimen señorial desapareció con el proceso de modernización del Estado español y en 1822, en el marco de la formación de los ayuntamientos constitucionales, se instituyó el Ayuntamiento de Villaverde de Trucíos, parte de la provincia de Santander nacida poco después, en 1833.
En 1875 el valle fue escenario de una cruenta batalla entre el ejército constitucional y las milicias carlistas capitaneadas por el general trasmerano Fulgencio de Carasa y Naveda, que se saldó con la destrucción de buena parte de las construcciones de Villaverde. Carasa logró impedir que las tropas liberales tomaran Valmaseda y fue hecho conde del enclave cántabro en Vizcaya.
Cuando se constituyó la comunidad autónoma de Cantabria en virtud de lo dispuesto en el artículo 143 de la Constitución española de 1978, el municipio de Villaverde de Trucíos quedó incorporado a ella, junto a aquellos territorios que conformaban la provincia de Santander (art. 2.1 Estatuto).
El Estatuto de Autonomía cántabro prevé en su artículo 24.2 como competencia exclusiva las alteraciones de los términos municipales comprendidos en su territorio.
Por su parte, el correspondiente Estatuto de Autonomía del País Vasco formula en su artículo 8 el procedimiento que habría de seguirse de cara a la agregación de Villaverde de Trucíos y el Condado de Treviño, ambos enclaves situados dentro del territorio vasco.
En la actualidad, el municipio participa en entidades e iniciativas vascas y cántabras y se beneficia de servicios gestionados o dependientes de una y otra administración autonómica.
El día 28 de enero de 2005, fue aprobado en sesión ordinaria plenaria celebrada por el Ayuntamiento de Villaverde de Trucíos, la alteración del nombre del municipio por el de Valle de Villaverde, de conformidad con la legislación vigente.
A favor del cambio se argumentó el hecho de que este lugar aparezca de esta manera en diversos documentos históricos anteriores a la división territorial de España del año 1833 y que, gracias a esta iniciativa, se evitan las confusiones que se producen con el vecino municipio vasco de Trucíos-Turtzioz.
Web Ayuntamiento, de Valle de Villaverde