El municipio de San Miguel de Aguayo, uno de los municipios en que se excindió la antigua Hermandad de las Cinco Villas, se encuentra en la comarca de Campoo, a 69 Km. de Santander. Se accede por un desvío en la carretera nacional de Burgos, a la altura del municipio de Pesquera. Su situación, a unos 900 metros de altura y en medio de un hermoso entorno natural, hacen que parezca un rincón apartado pese a su cercanía con otros núcleos.
Formado por tres localidades y con tan sólo 155 habitantes, San Miguel de Aguayo tiene una altitud media alta (en torno a 900 m) y se encuentra situado a 69 kilómetros de Santander. Con una extensión de 36 km2, el municipio limita con Molledo y Bárcena de Pie de Concha al norte, Campoo de Yuso al sur, con Luena al este y con Pesquera y Santiurde de Reinosa al oeste.
En el ámbito natural destaca su territorio dominado por areniscas y afloramientos calcáreos con elevaciones como la cumbre de Mediajo Frío (1.328 m) o el pico Jano (1.288 m), a cuyo pie se sitúa el embalse de Alsa-Torina, destinado a la explotación hidroeléctrica, que, junto al más pequeño de Mediajo, constituye una de las notas más características de su paisaje.
A nivel patrimonial, el municipio cuenta con algunas joyas arquitectónicas del siglo XVI, como las iglesias parroquiales de San Miguel de Aguayo y Santa María de Aguayo, y la torre de los Gómez Bárcena.
Territorio muy rico en folclore popular, sus habitantes han sido hábiles artesanos de la madera, lo que se ha plasmado en la fabricación de albarcas y aperos de labranza.
Desde 1900 el municipio ha sufrido una pérdida constante en sus efectivos de población. Los escasos vecinos que todavía habitan en este término municipal continúan dedicándose sobre todo a las labores agropecuarias en las que predomina el sector ganadero de cabaña vacuna de orientación láctea.